特种集装箱和普通集装箱其实并没有太大差别。由于某些产品的需要，对于集装箱的结构和设备进行了不一样的设计和改装。而因为所运送的货物的不同，特种集装箱有很多的分类。

1.开顶式特种集装箱

这是没有箱顶或顶部敞开的集装箱，装卸货物时需使用起重机将重货从顶部装入箱内或卸出。

适于装载玻璃板、钢铁制品、胶合板、机械设备等过高货物，利用侧壁可以固定的重货，及难以从箱门进行装卸而须由箱顶进行装卸作业的货物。

2.框架式特种集装箱

这是没有箱顶和箱壁、箱端壁也可卸下，只留箱底和四角柱来承受货载的集装箱。

主要适用于装入杂货集装箱或开顶集装箱内的长大件、超重件、轻泡货、重型机械、钢材、钢管、裸装设备等，会产生集中负荷的重货、超尺度货物、不怕风雨袭击的货物，需要从箱顶或箱侧面装载的货物，以及需要在箱内固定的货物。

3.散装式特种集装箱

这是用以装载大豆、大米、麦芽、面粉、饲料以及水泥、树脂、硼砂、化工原料等散装粉粒状货物的集装箱。

4.罐状式特种集装箱

这是适用于装载酒类、油类、化学品、危险品等液体货物的集装箱。

装货时，货物由罐顶部的装货孔进入;卸货时，货物由底部排出孔靠重力作用自行流出，或由顶部装货口吸出。